2015年5月起《食品安全国家标准包装饮用水》即将实施。新国标“微生物限量”的表格显示，目前只有大肠菌群、铜绿假单胞菌两种微生物的限量及检验方法规定，而此前在该表格中出现的菌落总数、金黄色葡萄球菌、霉菌和酵母计数等微生物限量指标均已被删除。菌落是指细菌在固体培养基上生长繁殖而形成的能被肉眼识别的生长物，是由数以万计相同的微生物集合而成，菌落总数通俗理解就是样本中所含菌落的总数量。该指标一般作为判定食品被污染程度的标志。“饮用水本身就是一种单一营养素，如果菌落总数没有被限制，一旦超标就会破坏大肠内的菌群平衡，从而引发呕吐、腹痛、腹泻等症状。”
对此，相关人员表示，IBWA(国际瓶装水协会)、FDA(美国食品药品监督管理局)及日本均未对包装饮用水菌落总数提出要求;防止过度杀菌导致溴酸盐超标;控制菌落总数指标应采用GMP(药品生产质量管理规范);与GB8537-2008保持一致。因此除降菌落总数指标。
尽管直接关系到产品的卫生质量，但菌落总数却不再成为包装饮用水检测的硬性指标，对于该变化，国家卫计委在新国标中并未做出解释。
